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原虫多是通过人体破损鼻黏膜侵入，然后在局部增殖，穿过黏膜经嗅丝、颅底筛板扩散至大、小脑各部位，再扩散至脉络丛，最终抵达蛛网膜下腔。阿米巴入脑后即迅速增殖，沿脑膜播散。此原虫能分泌溶组织酶，以其胞饮作用而引起宿主的病变。

本病以化脓性脑膜炎和坏死性脑炎为特点。导致广泛小血管周围炎，皮质表层、基底部最常见，常并发出血，病变部位可见到大量福氏耐格里阿米巴滋养体。

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