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补体系统的成分非常复杂，各成分的编码基因也分散在不同的染色体上，其中的大多数基因已被成功地克降出来，其产物的氨基酸顺序也得到测定。补体成分的许多蛋白质分子具有同种异构现象，显示其具有遗传多态性。几乎所有的补体蛋白均为单位点常染色体等显性遗传。

编码人C4、C2及B因子的基因在第6对染色体短臂上，与MHC系统的基因相邻，被命名为Ⅲ类组织兼容性基因，此种排列的意义尚不清楚。但有趣的是，第6对染色体上各有2个C4基因位点，分别编码C4A和C4B，两者具有不同的生物活性。现已清楚C4基因中至少有1个无效等位基因（nullallele）可能与自身免疫的发病有关。

与C4和C3反应的许多调节蛋白的基因被组合在一起，在第一对染色体上形成1个超基因家族（superfamily）。此超基因家族编码的蛋白现已知的有：H因子、C4bp、DAF、CR1、CR2等；这些产物都有1个60个氨基酸残基组成的反复重复排列的同源区，可能来自同1个基因前体。

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