次要组织相容性抗原（mHA）一般仅引起较弱的排斥反应，但某些次要组织相容性抗原的组合能引起强而迅速的排斥反应。

次要组织相容性抗原包括非ABO血型抗原及性染色体相关抗原。例如男性Y染色体上有编码次要组织相容性抗原的基因，称为H-Y基因，女性受者可针对男性供者H-Y抗原产生排斥反应。另外，在不使用免疫抑制剂的情况下，医学|教育网搜集整理即使主要组织相容性抗原完全相同的同胞兄弟姐妹间进行移植，仍会发生移植排斥，此乃由次要组织相容性抗原所引起，这些抗原可能定位在其他染色体上。由于组织配型技术的改进，在主要组织相容性抗原引起的排斥反应基本被控制后，次要组织相容性抗原引起的排斥反应将引起人们的关注。

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