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闭环DNA（closed circular DNA）没有断口的双链环状DNA，亦称为超螺旋DNA.由于具有螺旋结构的双链各自闭合，结果使整个DNA分子进一步旋曲而形成三级结构。自然界中主要是负超螺旋另外如果一条或二条链的不同部位上产生一个断口，就会成为无旋曲的开环DNA分子。从细胞中提取出来的质粒或病毒DNA都含有闭环和开环这二种分子。可根据两者与色素结合能力的不同，而将两者分离开来。

在双螺旋结构中，每旋转一圈含有10个碱基对处于能量最低的状态，少于10个就会形成右手超螺旋（顺时针），反之为左手超螺旋（逆时针）。前者称为负超螺旋，后者称为正超螺旋……原核细胞中的DNA超螺旋是在DNA旋转酶作用下，由ATP提供能量形成的环状DNA负超螺旋，真核细胞中的DNA与组蛋白形成的核小体以正超螺旋结构存在

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