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鉴于本病病原体发现时间不长,发病机制尚不清。肺炎衣原体侵入人体后,主要引起单核巨噬细胞反应,肺泡巨噬细胞作为病原体贮存和传播的载体,造成其在宿主体内的持续感染。在非人哺乳动物如小鼠及猴的实验动物研究中发现,感染后多无症状,大部分在2个月后出现肺部病变,主要表现为间质性肺炎,早期局部有多核细胞浸润,以后则为巨噬细胞和淋巴细胞浸润。医学教.育网搜集整理可从肺部及脾脏分离出肺炎衣原体。其感染多为慢性,故与许多慢性感染有关,如冠心病、动脉粥样硬化、慢性阻塞性肺病(COPD)、支气管喘息、结节病及反应性关节炎等。
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